克洛泽的拜仁慕尼黑时期

2007/08赛季是克洛泽加盟拜仁慕尼黑的处子赛季。在该赛季比赛中，克洛泽可以随着球队战术变化胜任二前锋和前腰位置。他为拜仁三线出战39场攻入21球并有12次助攻，力助拜仁夺下2007/08赛季的双冠王。
2008/09赛季初，克洛泽成为主帅克林斯曼执教的绝对进攻核心，在三线出场前35场比赛里就攻入20球并有10次助攻。克洛泽尤其在欧冠赛场，以8场7球4助攻的出色表现带领拜仁闯入欧冠淘汰赛，但克洛泽在欧冠的淘汰赛阶段，脚踝严重受伤不得不接收手术提前告别2008/09赛季。
克洛泽为拜仁慕尼黑效力了四年，共出场150次，为球队贡献了53粒进球、27次助攻，帮助拜仁夺得6个冠军。2011年6月6日，克洛泽通过拜仁官方网站宣布与球队和平分手。至此克洛泽在德国甲级联赛上集体个人荣获大满贯，一共演过4次帽子戏法以及19次梅开二度，并且还有3次助攻帽子戏法。